وی همچنین برای کارمندان خود یک طرح اختیار سهام تهیه کرد. آلن در اوایل دهه ۱۹۸۰ به بیماری سرطان مبتلا گردید، به همین جهت وی شرکت مایکروسافت را در سال ۱۹۸۳ ترک کرد. پس از آلن، فقط بیل گیتس و استیو بالمر مسئولیت این شرکت را برعهده داشتند. وظیفه ی استیو بالمر در مایکروسافت در دهه ۱۹۸۰ توسعه سیستم عامل بود.

مایکروسافت برای خط جدید رایانه های شخصی IBM تصمیم داشت یک سیستم عامل ایجاد کند ، به همین خاطر قراردادی را امضا کرد. افرادی چون بنیانگذاران شرکت، بیل گیتس و شریک وی پل آلن، از جنبه های فنی شرکت مایکروسافت استفاده کردند در حالیکه استیو بالمر، مسئولیت اداره تجارت را برعهده گرفت. او پس از ادغام شرکت، در سال ۱۹۸۱ همکاری مایکروسافت را به ساختار سازمانی تغییر داد. باتوجه به این ساختار، بیل گیتس به میزان ۵۳ درصد از سهام، آلن به میزان ۳۵ درصد و استیو بالمر ۸ درصد از سهام را در اختیار گرفتند.

در مقابل بیل گیتس از استیو بالمر تقاضا کرد تا مدیریت فعالیت های شرکت را بصورت تمام وقت بر عهده بگیرد. به همین خاطر او در سال ۱۹۸۰، تحصیل در دانشکده تجارت استنفورد را ترک کرد و در شرکت مایکروسافت در ماه ژوئن بعنوان نخستین مدیر بازرگانی گیتس استخدام شد. استخدام کارمندان شایسته برای این شرکت، یکی از اولین نقش های او محسوب میشد. علاوه بر این که استیو بالمر برنامه نویس نبود، میتوانست استعدادهای بالقوه را شناسایی کند.